中国科学院南京土壤研究所（简称南京土壤研究所）成立于1953年，其前身为1930年创立的中央地质调查所土壤研究室。自成立以来，南京土壤研究所一直肩负着为中国农业发展和生态环境建设服务的重任，凝聚和培养了一大批优秀人才，开展了一系列卓有成效的研究工作，逐步发展成为在土壤科学领域研究实力雄厚、分支学科齐全并在国际上享有较高声誉的国家级研究中心和高级人才培养基地，为我国乃至世界土壤科学的发展做出了重要贡献。
近年来，南京土壤研究所紧密围绕中国科学院“三个面向”“四个率先”新时期办院方针，聚焦实施乡村振兴和建设美丽中国等重大战略部署，以土壤资源与信息、土壤地力与保育、土壤环境与修复、植物营养与肥料、土壤生物与生态等为核心研究领域，全面实施“一三五”规划，促进产出重大原创成果，率先开展“四类机构”改革，以优秀的成绩圆满完成了特色所试点建设的总体目标，为实现创新跨越发展、建设国际化一流科研机构奠定了坚实基础。
南京土壤研究所现有土壤与农业可持续发展国家重点实验室、土壤养分管理国家工程实验室、农田土壤污染防控与修复技术国家工程实验室、中科院土壤环境与污染修复重点实验室、农业部耕地保育综合性重点实验室等重要研究平台；设有土壤资源与信息、土壤地力与保育、土壤环境与修复、植物营养与肥料、土壤生物与生态等5个研究部以及土壤资源与遥感应用、土壤－植物营养与肥料、土壤化学与环境保护、土壤物理与盐渍土、土壤生物与生化、土壤与环境生物修复、土壤利用与环境变化等研究单元；还拥有土壤科学数据中心（中国生态系统研究网络土壤分中心）、河南封丘农田生态系统国家野外科学观测研究站、江西鹰潭农田生态系统国家野外科学观测研究站、江苏常熟农田生态系统国家野外科学观测研究站、中国科学院三峡工程生态环境湖北秭归实验站。此外，拥有联合国粮农组织的特约图书馆和亚洲最大的土壤标本馆；土壤与环境分析测试中心是国家质量技术监督局认定的国家计量认证合格单位。
开展知识创新工程以来，南京土壤研究所推动并参与实施了国家在土壤学及其相关领域的所有重大科技计划。截至目前，先后主持了国家“973”项目6项，国家重点研发计划项目8项，“863”重大项目1项，“863”重点项目12项，科技基础性工作专项2项，重大科技专项课题4项，科技支撑计划项目2项，公益性行业科技重大专项4项，国家自然科学基金重大项目2项、重大研究计划课题6项，基金重点项目19项，基金国际合作重大项目11项等一大批国家重大科技任务，充分体现了我所在土壤学及其相关研究领域的主导地位和整体竞争实力。近5年来，累计获得18项各级科技进步奖，发表SCI论文1500多篇，国内核心期刊论文1200余篇，出版学术专著40余部，授权发明专利90多项。
截至2018年底，南京土壤研究所共有在职职工306人。其中科技人员223人、科技支撑人员58人，包括中国科学院院士2人，中国工程院院士1人，研究员及正高级工程技术人员64人、副研究员及高级工程技术人员92人。国家杰出青年科学基金获得者10人。
南京土壤研究所是1981年国务院学位委员会批准的首批具有硕士和博士学位授予权的单位之一，现设有农业资源与环境、环境科学与工程、生态学等3个一级学科博士研究生培养点，土壤学、植物营养学、环境科学等11个专业二级学科硕士研究生培养点，并设有农业资源与环境、环境科学与工程、生态学3个一级学科博士后流动站。
南京土壤研究所先后与30多个国家和地区建立了合作研究关系，与英国洛桑试验站、苏格兰作物科学研究所、日本农业环境研究所、澳大利亚Melbourn大学、Griffith 大学等一批国际著名研究机构和大学签订了长期全面合作协议。2018年通过竞争成功获得第23届世界土壤学大会举办权。作为全球数字土壤制图计划亚洲中心、国际氮素行动计划东亚中心、全球土壤伙伴计划亚洲中心、全球土壤修复网络亚洲中心，代表中国在国际土壤学组织以及重大科研行动计划中持续发挥了主导作用。
南京土壤研究所是中国土壤学会、江苏省土壤学会和全国土壤质量标准化技术委员会的挂靠单位；主办Pedosphere、《土壤学报》、《土壤》等３份学术期刊，其中Pedosphere是我国唯一的土壤科学英文学术期刊且被收录为SCI源刊。
