南京住房公积金管理中心于2003年7月成立，是直属于南京市政府、不以盈利为目的的正局级事业单位，负责南京地区住房公积金缴存、提取、贷款等业务审核办理及资金的管理运作。目前中心内设办公室、归集贷款处、资金计划处、信息管理处、客户服务处、财务处、审计处、稽查支队、机关党委（组织人事处）、纪律监督室等10个处室，下设省级机关、南京铁路、省监狱管理局、华东石油局等4个行业性分支机构，以及城中、江宁、浦口、六合、溧水、高淳、江北等7个区域性分支机构。
近年来，南京住房公积金管理中心在市委市政府的正确领导下，深入学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，以党的十九大精神为引领，紧紧围绕全市工作大局，牢牢聚焦住房公积金职责定位，坚持“一点一滴公积金、全心全意为人民”的工作宗旨，以“业务争一流、管理立标杆、服务创品牌”为发展目标，不断加强业务创新，保障资金安全，提升服务水平，南京住房公积金管理水平和运营质量不断提升，为高质量建设“强富美高”新南京做出自身贡献。
中心被南京市委、市政府评为2004—2005年度市级文明单位，被江苏省建设厅评为全省住房公积金管理工作先进单位（2004—2007年连续4年），2005—2006年度全省建设系统精神文明建设先进单位，被江苏省委、省政府评为2007—2009年度全省文明单位标兵。2007年度被建设部评为全国建设系统精神文明先进单位，2008年度被中央文明办评为全国精神文明建设工作先进单位。2010年被江苏省委、省政府评为全省文明单位标兵，2011年被中央文明办评为全国文明单位，2019年再度被评为江苏省和南京市文明单位，涌现出全国建设系统先进典型张璟同志。
南京住房公积金管理中心职责：
（一）编制住房公积金的归集、使用计划，并组织执行，编报计划执行情况的报告；
（二）编制住房公积金的年度预决算，经设区城市财政部门审核，提交管委会审议后组织执行；
（三）委托由管委会按中国人民银行规定指定的商业银行办理住房公积金贷款、结算等金融业务和住房公积金账户的设立、缴存、归还等手续，与受委托银行签订委托协议，按规定支付手续费；
（四）负责住房公积金的统一核算，指导、监督分支机构的内部核算；
（五）拟订住房公积金具体管理办法，经管委会审议通过后实施；
（六）审批个人住房公积金的提取和个人住房委托贷款的发放，按照管委会审议批准的比例购买国债；
（七）负责住房公积金的保值和归还；
（八）提出住房公积金增值收益分配方案，经设区城市财政部门审核，报管委会审议后执行；
（九）审核单位降低住房公积金缴存比例或者缓缴的申请，报管委会批准后执行；
（十）与职工、单位和受委托银行定期对账；
（十一）建立职工住房公积金个人明细账，向职工发放缴存住房公积金的有效凭证；
（十二）组织建立管理中心及其所属机构的业务管理信息系统，并与上级住房公积金行政监管部门联网，纳入全国住房公积金监督管理信息系统；
（十三）向设区城市财政部门和管委会报送住房公积金财务报告，经管委会审议通过后定期向社会公布；
（十四）向设区城市财政部门提出住房公积金呆账核销申请，经管委会审议通过后，根据省级财政部门的审批意见办理呆账核销，并报上级住房公积金行政监管部门备案；
（十五）承办管委会决定的其他事
