根据中央建设创新型国家的总体战略目标和国家中长期科技发展规划纲要，结合中国科学院科技布局调整的要求，围绕深圳市实施创新型城市战略，2006年2月，中国科学院、深圳市人民政府及香港中文大学友好协商，在深圳市共同建立中国科学院深圳先进技术研究院（以下简称“深圳先进院”），实行理事会管理，探索体制机制创新。
经过十五年发展，深圳先进院目前已初步构建了以科研为主的集科研、教育、产业、资本为一体的微型协同创新生态系统，由八个研究平台（中国科学院香港中文大学深圳先进集成技术研究所、生物医学与健康工程研究所、先进计算与数字工程研究所、生物医药与技术研究所、广州中国科学院先进技术研究所、脑认知与脑疾病研究所、合成生物学研究所、先进材料科学与工程研究所），国科大深圳先进技术学院，多个特色产业育成基地（深圳龙华、平湖及上海嘉定）、多支产业发展基金、多个具有独立法人资质的新型专业科研机构（深圳创新设计研究院、深圳北斗应用技术研究院、中科创客学院、济宁中科先进技术研究院、天津中科先进技术研究院、珠海中科先进技术研究院、苏州先进技术研究院、杭州先进技术研究院、武汉中科先进技术研究院、山东中科先进技术研究院）等组成。2018年，深圳先进院获批牵头建设深圳市两大重大科技基础设施：脑解析与脑模拟、合成生物研究，并于2019年在光明科学城破土动工；牵头建设的深圳先进电子材料国际创新研究院、深圳市合成生物学创新研究院、深港脑科学创新研究院三大基础研究机构均已在2019年正式揭牌成立。
2018年11月16日，深圳市人民政府与中国科学院在深签署《合作共建中国科学院深圳理工大学协议书》，依托深圳先进院及中科院在粤科研力量建设中国科学院深圳理工大学（暂定名，简称中科院深理工）。2019年10月，广东省教育厅同意将其纳入省高校设置“十三五”规划，中科院深理工正式进入筹建阶段。2020年11月20日，中科院深理工建设启动会顺利召开；光明滨海明珠校区作为大学过渡校区于2021年初投入使用。深圳先进院将抓住粤港澳大湾区和中国特色社会主义先行示范区“双区驱动”的建设机遇，在改革热土上孜孜探索体制机制创新，面向国际科学前沿，前瞻布局战略性新兴产业，多方位促进科教融合和创新发展。
使命和愿景 Mission and Vision
建设一流的工业研究院
提升粤港地区及我国先进制造业和现代服务业的自主创新能力，推动我国自主知识产权新工业的建立，成为国际一流的工业研究院。
目标 Goals
“一个引领、两个接轨、三个一流、四个能力”
一个引领—在国家创新体系和区域源头创新活动中起骨干和引领作用，包括核心技术、产业共性技术、人才教育、企业孵化等多方面的示范作用，成为新型国家研究机构的典范。
两个接轨—与国际学术水平接轨、与珠三角的产业接轨，是实现“一个引领”的前提条件，顶天才能立地。
三个一流—“人才一流、科研一流、管理一流”，是实现“两个接轨”的基础。
四个能力—“发挥学科交叉特色，形成集成创新新优势，建立经济预测机制，培养市场拓展能力。
深圳先进院积极贯彻中国科学院“三个面向”“四个率先”的新时期办院方针，即“面向世界科技前沿、面向国家重大需求、面向国民经济主战场，率先实现科学技术跨越发展、率先建成国家创新人才高地、率先建成国家高水平科技智库、率先建设国际一流科研机构”，发挥中科院、深圳市、港中大三方共建优势，力争打造人才一流、科研一流、管理一流的新型研究机构。
深圳先进院的“一+三+N”
一个定位：
发挥在建设创新性国家过程中的“火车头”作用，成为国家和人民可信赖、可依靠的战略科技力量，引领和支持我国可持续发展。提升粤港地区及我国制造业、现代服务业和医疗医药等领域的自主创新能力，成为新型国际一流的工业研究院。
三大突破：
突破一：高端医疗影像
突破二：低成本健康
突破三：医用机器人与功能康复技术
N个重点培育：
城市大数据计算
非人灵长类脑疾病动物模型
先进电子封装材料
肿瘤精准治疗技术
合成生物器件关键技术……
