按目前编制，内蒙古自治区公安厅有内设机构30余个，分别承担队伍管理、侦查打击、服务保障等职能。
警务督察总队：指导监督全区公安机关及民警依法履行职责、行使职权和遵守纪律情况，受理群众相关举报、投诉和咨询并核查反馈，维护全区公安及民警的正当执法权益。
办公室：负责自治区公安厅机关文电、会务、机要、档案、统计、调查研究及文稿起草等工作。
政治部综合处：负责研究制定全区队伍管理有关规章制度，负责全区政治工作重大事项的调查研究及政策理论研究及政治部的指挥调度、公文流转、信息处理、政工系统维护等工作，牵头负责公安厅各项考核工作。
政治部组织处：负责厅机关及所属单位干部监督管理、培养、考核考察等工作，并对干部调整配备提出意见建议，负责协管干部的考核工作并提出任免、交流意见，指导所属单位开展干部管理相关工作。
政治部人事训练处：负责厅机关机构编制、工资抚恤等工作，组织、指导、监督全区公安机关警务辅助人员队伍建设和管理工作，承担全区公安机关人民警察考试录用、警衔管理、表彰奖励、心理健康服务相关工作，负责厅所属事业单位人员招聘、工资福利工作；指导、检查、监督并组织实施全区公安机关教育训练工作。
政治部新闻宣传处：拟订全区公安新闻宣传方针、政策，组织、指导全区公安队伍思想政治教育、工作作风建设、文化建设、新闻信息发布、政务公开等工作，指导、管理全区公安机关报刊、出版、影视、新闻报道、政务新媒体等工作，负责全区公安机关重大典型选树及宣传工作。
政治部机关党委：负责厅机关和所属单位党群工作及纪律监督工作，负责公安厅系统党建工作。
政治部离退休人员工作处：负责厅机关离退休干部工作，指导所属单位离退休人员工作。
情报指挥中心：制定重大警务行动、重大突发（事）件和重大治安事故预案并指挥协调处置，指导协调社会服务联合行动工作，指导、检查、监督全区各级公安机关值班备勤工作。
国内安全保卫总队：组织、指导、协调全区公安机关维护国家安全和社会稳定有关工作。
经济犯罪侦查总队：组织、指导和监督全区公安机关经济犯罪案件侦查工作，承办上级机关交办的重大经济犯罪案件，受理全区经济犯罪案件举报，协助、协调跨区域经济犯罪案件侦查工作。
治安管理总队：规划实施全区公安机关治安管理工作，侦办危害社会治安秩序的重大案件，指导监督涉及公共安全行业、场所、危险物品的管理及重大建设工程、大型活动的治安保卫工作，指导全区保安服务业管理及技术防范应用工作，研究制定并组织实施户政管理政策，监督管理户籍、居民身份证和人口统计工作，研究规划指导全区公安派出所建设工作。
刑事侦查总队：研究制定全区公安刑事侦查工作规划及实施计划，指导监督全区公安机关刑事犯罪侦查办案工作，承担全区重特大、疑难刑事案件的现场勘查和检验鉴定工作，组织开展刑事案件协查和专项斗争重要案犯缉捕工作，侦办严重暴力、涉黑涉恶等重大刑事案件和上级机关交办的刑事案件，管理指导全区公安刑事科学技术、刑事侦查信息化建设工作，指导全区公安机关鉴定机构、鉴定人的登记管理工作。
网络安全保卫总队：研究制定全区公安网络安全保卫工作规划并组织实施，参与制定全区网络信息安全技术规范，查处信息网络违法犯罪案件，监督检查指导全区网络安全等级保护工作。
交通管理局：研究制定全区道路交通安全管理政策、法规草案和技术标准，拟定全区公安交通管理工作规划并组织实施，维护道路交通秩序和公路治安秩序，监督指导全区公安交通管理部门查处道路交通违法行为及交通事故处理工作，指导全区机动车辆、驾驶人及机动车号牌管理工作，参与指导城市道路建设和交通安全设施规划工作，指导全区公安道路交通安全宣传工作。
反恐怖总队：组织、指导、协调全区公安机关防范、侦察、打击暴力恐怖活动有关工作。
出入境管理局：管理、监督全区境外人员和港、澳、台居民出入境工作，承办区内居民因私出国及往来港、澳、台的审批工作，指导查处出入违法犯罪活动。
技术侦察总队：研究制定全区公安技术侦察工作规划并组织实施，承办和指挥重特大犯罪案件的技术侦察工作，负责全区公安机关侦察技术的应用、指导和管理等工作。
监所管理总队：研究制定全区公安监所管理工作规划及实施计划，指导管理全区公安机关监管场所业务工作及安全防范工作，指导监管场所对被监管人员的教育挽救和生活卫生管理等工作。
法制局：牵头负责全区公安机关执法规范化建设和法治公安建设工作，参与起草审核有关公安工作的地方性法规规章和规范性文件，承担公安机关内部执法监督和公安厅办理的刑事案件法律审核、法律文书工作，负责涉及公安厅的行政诉讼、听证、行政复议、国家赔偿、刑事案件复议复核等工作。
警务保障部：组织协调全区公安机关重大警务活动的保障工作，指导管理全区公安机关经费保障、装备被装保障和基础设施建设及监督、稽查工作，编制厅机关和直属单位经费预决算，管理、审核、监督厅机关财务以及各项经费，管理厅机关国有资产，承担全区警用航空的建设、运行和管理工作。
禁毒总队：掌握指导全区公安禁毒工作，组织指导协调毒品案件侦办、毒品检验鉴定、社区戒毒、社区康复、康复场所戒毒、禁毒预防教育等工作。
科技信息化总队：研究制定并组织实施全区公安科技强警、基础信息化和信息通信工作规划，承担公安科技管理应用和社会公共安全技术防范管理工作，指导全区公安科技信息化基础建设及通信设备管理维护应用等工作。
行政管理处：负责自治区公安厅机关行政办公区及办公楼、业务技术用房的日常管理、维护、修缮和公务车辆、会议场所运行管理工作，组织管理和实施自治区公安厅机关基本建设规划和安全保卫工作。
信访处：指导全区公安机关信访工作，办理群众来信来访事项，受理和查处重大疑难信访案件，承办上级机关交办的信访案件。
国际警务合作局：指导全区公安机关国际警务合作工作，协调组织开展国际及港澳台警务执法合作交流，建设全区公安机关驻外警务联络官和维和警察后备队，受理、送审和监督全区公安机关因公组团、随团出国（境）工作，在国际刑警组织中国国家中心局授权范围内开展联络工作。
食品药品和环境犯罪侦查总队：研究制定全区公安机关预防、打击食品药品和环境犯罪工作规划并组织实施，收集分析相关犯罪信息和规律并提出对策，组织协调指导全区食品药品和环境领域犯罪案件的侦办工作，与相关部门建立联动执法机制并参与集中专项整治行动。
警犬基地：指导全区警犬技术工作。
